วัดปรินายกเป็นพระอารามหลวงที่มีขนาดเล็กในปัจจุบัน อาณาเขตวัด ทิศเหนือจดคูบดินทร์นายก ทิศใต้จดทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ ทิศตะวันออกจดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ทิศตะวันตกจดถนนปรินายก สิ่งก่อสร้างสำคัญภายในวัดมีเพียง พระอุโบสถ และศาลาการเปรียญ และบริเวณด้านข้างล้อมรอบไปด้วยโรงเรียนอนุบาลวัดปรินายก
แต่ในอดีตวัดปรินายกเป็นวัดที่มีขนาดใหญ่มาก่อน อาณาเขตวัดเดิม ทิศใต้จดคลองบางลำพู ทิศตะวันออกจดถนนหลานหลวงตรงข้ามป้อมมหากาฬเชิงสะพานผ่านฟ้า ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย (รัชกาลที่ ๒) เจ้าพระยาบดินทร์เดชา (สิงห์ สิงหเสนี) สร้าง “วัดพรหมสุรินทร์” (ชื่อเก่าของวัดปรินายก) หลังจากทำศึกสงครามกับญวน และได้เลื่อนบรรดาศักดิ์เป็นเจ้าพระยาบดินทร์เดชาในสมัยรัชกาลที่ ๓ ได้สร้างถาวรวัตถุเพิ่มเติมขึ้นอีกแต่ยังไม่เสร็จก็ถึงแก่อสัญกรรม พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๓) โปรดเกล้าฯ รับวัดพรหมสุรินทร์ไว้เป็นพระอารามหลวง โปรดฯ ให้หล่อพระพุทธรูปประธานในพระอุโบสถ
แต่เมื่อมีการตัด “ถนนราชดำเนิน” พ.ศ. ๒๔๔๒ ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๕) เส้นทางของถนนได้ตัดเข้ามาในพื้นที่ของวัดปรินายก การตัดถนนราชดำเนินทำให้วัดปรินายกสูญเสียพื้นที่บริเวณวัดไปมาก อย่างไรก็ตามพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ ก็ได้มีการประนีประนอมกับวัดด้วยการมีพระบรมราชกระแสในการปฏิสังขรณ์ด้วยพระองค์เอง
ตามที่เอกสารตอบโต้ระหว่างรัชกาลที่ ๕ กับกรมหมื่นสมมตอมรพันธุ์ ระบุว่า
“กรมหมื่นสมมตอมรพันธุ์
ลงวันที่ ๓๐ มิถุนายน ร.ศก ๑๑๙
รับวันที่ ๒ กรกฎาคม ร.ศก ๑๑๙ว่าได้หารือกับเจ้าพระยาภาสเรื่องที่วัดปรินายกสองฝั่งถนนราชดำเนิน ซึ่งจะต้องทำเป็นตึกโดยจะซื้อฤาเช่านั้น เจ้าพระยาภาสยอมตกลงที่จะยืนขายให้พระคลังข้างที่แล้ว ส่วนราคาจะควรเท่าไรนั้น จะได้ขอให้กระทรวงนครบาลกะและทำหนังสือซื้อขายให้เสร็จไป
พระบรมราชกระแส
ดีแล้ว ให้ปักปันกันเสียให้เป็นเด็ดขาด ถึงจะให้ราคาแรงก็ไม่เป็นไร เพราะเงินที่สร้างวัดคงจะมากกว่า”
การตัดถนนราชดำเนินยังตัดผ่านพระอุโบสถหลังเดิมที่ตั้งอยู่บริเวณสะพานผ่านฟ้าลีลาศ ซึ่งเป็นบริเวณที่ถนนจะตัดผ่านด้วย พระองค์จึงโปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาวัดปรินายกใหม่ทั้งหมด โดยสร้างพระอุโบสถใหม่ และนำใบเสมาจากพระอุโบสถเดิมมาประดิษฐานรอบพระอุโบสถใหม่ จากเอกสารการตอบโต้ระหว่างเจ้าพระยาภาสกรวงศ์ กับรัชกาลที่ ๕ เรื่องการปฏิสังขรณ์สิ่งก่อสร้างภายในวัดปรินายก ระบุว่า
“เจ้าพระยาภาส
ลงวันที่ ๒๔ มีนาคม ร.ศก ๑๑๘
รับวันที่ ๒๔ มีนาคม ร.ศก ๑๑๘
ว่าพระพิพิธสาลียื่นหนังสือของอนุญาตสร้างศาลาการเปรียญที่วัดปรินายกหลังหนึ่ง จะออกทุนก่อสร้าง ๔๐๐๐ บาท เพื่อให้การกุศลอุทิศให้มารดา เมื่อการเปรียญแล้ว ขอรับพระราชทานปลงศพมารดาที่วัดนั้น เจ้าพระยาภาสเห็นว่าควรให้นายงานให้ตัวอย่าง แลกะที่ให้ปลูก แลขอรับพระราชทานให้นามศาลานั้นว่า การเปรียญแสงพระราชกระแส
มีความยินดีอนุโมทนา...(ตัวอักษรเลือนลาง : ผู้เขียน)...กุศล...(ตัวอักษรเลือนลาง : ผู้เขียน)...จะกะแผนที่ให้ แต่ตัวอย่างซึ่ง...(ตัวอักษรเลือนลาง : ผู้เขียน)...อย่างไร...(ตัวอักษรเลือนลาง : ผู้เขียน)...ถ้าเจ้าของมีความปรารถนาที่จะแสดงความประสงค์ของตัวก็ให้แสดงความประสงค์ฤๅเขียนตัวอย่างมาตามแต่ที่จะพอใจ…”
“เจ้าพระยาภาส
ลงวันที่ ๔ ธันวาคม ร.ศก ๑๑๘
รับวันที่ ๕ ธันวาคม ร.ศก ๑๑๘
“ว่าเรื่องเจ้าอาวาศสำหรับวัดบรินายกนั้น เห็นว่าควรให้พระครูปลัดสุวัฒนศิลคุณ ของพระพิมลธรรมเปนเจ้าอาวาศ ให้วัดบรินายกมาขึ้นวัดเบญจมบพิตร ได้หาฤาพระพิมลธรรม พระราชโมฬี แลสมเด็จพระวันรัต สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์เห็นชอบด้วย แลพระครูปลัดก็เต็มใจที่จะไป ถ้าโปรดเกล้าฯ แล้วจะให้ยกมาอยู่ทีเดียว ส่วนกุฏิที่จะอยู่นั้นชำรุดต้องซ่อม และพระราชโมฬีรับจะหาเรือนมาปลูกสัก ๔ - ๕ หลัง ส่วนเจ้าอธิการนั้นได้ให้ถอดเจ้าอธิการลีแลตั้งเจ้าอธิการจันขึ้นใหม่ อนึ่งที่น่าวัดซึ่งเหลือตัดถนนพอจะปลูกโรงแถวให้เหนประโยชน์ได้ คิดจะถอนเงินสำหรับปฏิสังขรณ์วัดมหาธาตุที่ฝากแบงค์ไว้มาทำ แบ่งประโยชน์ตามทุนไม่ต่ำกว่า ๑๐๐ ละ ๗ ครึ่งต่อปี ถ้าได้เกินกว่านี้จึงให้เป็นทุนสำหรับเลี้ยงวัดบรินายก ขอพระราชทานปักเขตรที่ซึ่งจะปลูกโรงแถว แลจะมอบให้พระครูปลัดเปนนายงานจัดทำ
พระบรมราชกระแส
เจ้าพยาภาสคิดคราวนี้ ถูกใจเหมาะเต็มที่ตลอดทั้งเรื่อง เปน...(ตัวอักษรเลือนลาง : ผู้เขียน)...เหนว่าผู้ซึ่งจะดีกว่าพระครูชุ่ม...(ตัวอักษรเลือนลาง : ผู้เขียน)...จะมี แต่ไม่เหมาะเหมือนพระครูชุ่ม ขอให้เอาเปนตกลงให้พระครูชุ่มไปอยู่ เขตรวัดนั้นจะได้กะให้ แลจะได้ไปดูให้ถึงตอน...(ตัวอักษรเลือนลาง : ผู้เขียน)...พระวิหาร ซึ่งจะปฏิสังขรณ์ เมื่อจะไปได้วันใดจะนัดเจ้าพยาภาสไปด้วย เวลานี้จะตรวจแผนที่ดูเสียก่อน
อนึ่งวัดนี้เรียกว่า บดีนายก นี้พึ่งจะได้ยินขึ้นเมื่อกรมเมือง...(ตัวอักษรเลือนลาง : ผู้เขียน)...หลัง ๆ นี้เรียก แต่ที่เคยได้ยินแลได้เหนจดหมายมาแต่ก่อนเรียกว่า “วัดปรินายก” ทั้งนั้นมีหลักฐานที่จะอ้างอิงได้เปนอันมาก มีได้ยินกับหูจากรับสั่งของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเปนต้น ขอให้คงเปนวัดปรินายกอยู่ตามเดิมเถิด เพราะกว่ากันมาก”
และแม้ว่าจะเหลือพื้นที่และสิ่งปลูกสร้างเป็นวัดเล็ก ๆ รัชกาลที่ ๕ ก็ได้พระราชทานใบเสมาคู่ จึงทำให้วัดปรินายกยังคงมีสถานะเป็นวัดหลวงอยู่ และเป็นวัดหลวงมาจนถึงปัจจุบัน
รัชนก พุทธสุขา
หอจดหมายเหตุแห่งชาติ. วัดปรินายก. เอกสารกรมราชเลขาธิการ ร.5. กระทรวงศึกษาธิการ. ไมโครฟิล์ม ม.ร.5 ศ/26.
กรมศิลปากร. (2525). จดหมายเหตุการอนุรัษณ์กรุงรัตนโกสินทร์. กรุงเทพฯ : กรมศิลปากร